一、内设机构
    肇庆市地方税务局设11个职能科（室）：
    （一）办公室。
    负责处理、协调局机关日常政务和档案、信访、保密、机关财务、督办等工作；起草和审核有关文件、报告、文电及其他综合性材料；组织局机关会议、税法宣传、税收调查研究、局机关和本市地方税务系统的办公自动化工作；制定局机关内部综合性规章制度。
    （二）法规科。
    负责地方税收执法监督、检查；负责局内制定的税收规范性文件的合法性审查；办理税务行政诉讼和行政复议；指导本市地方税务系统的法制工作；负责税收政策调研和理论研究；指导本市税务学术团体的日常工作。
    （三）税政科。
    负责地方各税种（包括涉外地方税收）及教育费附加、文化事业建设费的征收管理工作；对地方各税种在执行中的有关政策业务问题进行解释和处理；拟定地方各税种在征收管理中的具体实施办法；负责地方各税税收政策执行情况的检查；负责地方各税种税政问题的调查研究工作。
    （四）规费管理科。
    负责社会保险费及省政府规定由地税部门征收的其他规费、基金的征收管理工作；对其在执行中的具体业务问题进行解释和处理；拟定地方税务部门负责征收的各种规费在征收管理中的具体实施办法。
    （五）纳税服务科。
    负责本市地税系统纳税服务工作的统筹规划、管理指导和督促检查；制定本系统纳税服务工作规范和操作流程；组织协调、实施面向纳税人的税法宣传、纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作，受理纳税人投诉；组织实施纳税信用等级评定管理和税收信用体系建设；指导税收争议的调解；负责注册税务师行业监督管理工作，规范税务中介代理行为。
    （六）征收管理科。
    负责指导、检查和处理本市各级地方税务机关执行税收征管法律、法规、规章中的有关事项；负责制定本市地方税务系统综合性地方税收征管规定及制度；强化和完善征管手段；负责税务登记的综合管理与协调工作；负责发票管理工作；负责组织协调纳税评估工作；负责组织地方税收征管质量检查、考核。
    （七）计划财务科。
    贯彻落实上级下达的地方税收收入计划；编制、分配和调整年度地方税收计划以及检查、督促、分析计划的执行情况；汇总分析全市地方税收会计、统计信息资料和数据；监督检查地方税收会计、统计制度的执行情况；负责税源监控工作；负责全市地方税务系统税收票证的使用、管理和检查；指导和组织全市地方税务系统税收计划、统计、会计工作的开展；负责全市地方税务系统的经费、财务、装备和固定资产的管理、检查工作；监督执行系统财务制度，审核汇编局机关和直属单位的财务预、决算；办理经费的划拨。
    （八）信息管理科。
    负责本市地方税务系统信息化工作的规划、管理和指导；负责本市地方税务系统计算机信息系统的组织实施、运行管理和维护；负责本市地方税务系统计算机信息的技术处理和维护；为本市地方税务系统信息化工作提供技术支持和技术培训。
    （九）人事教育科。
    负责管理权限内的领导干部和本级机关、直属单位的人事管理、离退休人员的管理工作；制定全市地方税务系统干部教育规划，组织干部学历教育和岗位培训工作。
    （十）机关党委办公室（加挂基层工作科牌子）。
    负责机关和直属单位党务、工青妇工作；指导全市地方税务系统基层建设、思想政治工作和精神文明建设。
    （十一）监察室（与纪检组合署办公）。
    负责执法教育、党风党纪和廉政教育；负责地方税务执法监察工作，受理检举、控告和申诉地方税务人员行政违纪和地方税务执法违法案件；负责本级机关并指导下属单位的纪检、监察工作；按干部管理权限承办干部离任审计；负责组织本级机关和下属单位的内部审计工作。
二、直属行政单位
    （一）肇庆市地方税务局稽查局为市地方税务局直属行政单位，副处级。负责全市范围内地方税务稽查工作的业务指导和协调；负责偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件的查处以及税收专项检查。规范设置6个正科级职能科（室）：
    1.办公室。负责局文秘、档案、保密、财务、行政后勤和税务检查证管理工作；贯彻实施稽查工作报告制度；负责局思想政治、廉政教育和业务培训工作；协助局领导做好内部协调及外部联系工作。
    2.选案科。负责提出本级地方税务局的税收专项检查计划，制定年度、季度稽查计划；负责确定税务稽查对象；负责本局税务违法案件举报管理和统计分析；负责与其他单位信访部门的联系。
    3.稽查一科。负责所辖范围内地方税纳税人（不含涉外地方税纳税人）偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件的检查，协助有关部门查处涉税刑事案件。
    4.稽查二科。负责所辖范围内地方税纳税人（含涉外地方税纳税人）偷税、逃避追缴欠税、骗税、抗税案件的检查，协助有关部门查处涉税刑事案件；负责实施反避税、外国居民税收监管以及涉外税收情报交换。
    5.审理科。负责审理本局稽查的各类税务违法案件的审理；组织对大案要案的集体审理；制作有关税务稽查文书；负责对本局或下级稽查局查结的案件进行复查。
    6.执行科。负责本级查处案件有关税务稽查文书的送达工作；负责税款、滞纳金、罚款等的追缴入库及统计工作；负责将涉税刑事案件移送司法机关处理；负责执行税务行政强制措施；负责向法院提出税务司法强制执行的申请。
    （二）肇庆高新技术产业开发区地方税务局为市地方税务局直属行政单位，正科级。负责辖区范围内地方税纳税人税务登记以及应纳地方税、费的征收管理和日常检查工作。规范设置5个职能股：
    1.综合股。负责文秘、行政后勤、财务以及税法宣传等工作；负责税收法制工作；负责税费综合业务管理；负责人事管理、教育培训和思想政治工作；负责执法教育和廉政教育；受理检举、控告和申诉地方税务人员行政违纪和执法违法案件。
    2.征收股。负责执行税收征管法律、法规、规章中的有关事项；负责办税服务厅的管理，办理辖区范围内地方税纳税人税务登记、纳税申报、税款征收等涉税事项；负责发票、税收票证的管理；负责税收计划、会计、统计工作；负责计算机应用系统运行管理和维护。
    3.管理一股。负责辖区范围内除重点税源户外的企业纳税人应纳地方税费的管理、日常检查及专项检查工作。
    4.管理二股。负责辖区范围内个体户地方税纳税人应纳地方税费的管理、日常检查及专项检查工作。
    5.重点税源管理股。负责辖区范围内重点税源户应纳地方税费的管理、日常检查及专项检查工作。
三、事业单位
    （一）机关后勤服务中心
    负责局机关及直属机关行政单位的行政后勤工作。